鉴定微生物物种的方法包括研究微生物形态，生化检测，16S或18S rDNA序列分析。每种方法都很复杂、耗时，并且只能从单方面了解微生物物种。
作为这些方法的补充，用MALDI-TOF来鉴定微生物已经吸引了关注。MALDI-TOF为微生物提供了一个全面的检测方案。
如此全面的检测是一种全新的分析方法，能够通过观测蛋白质、多肽和脂质离子来捕获微生物分子。
Fig.1 显示了大肠杆菌NBRC 3972的直接检测结果。从微生物里的蛋白质和脂质中提取出的离子可被观测到。
Fig. 1 大肠杆菌NBRC 3972 质谱图
Fig.2 显示了各种细菌的质谱图。由于不同菌种的质谱图有区别，这种方法可以用来区分菌种。
Fig. 2 菌种的质谱图对比
